Задержан у себя дома утром 6 апреля 2022 года. Его похищение – дело рук ФСБ. Силовики забрали телефон, паспорт, надели наручники и увели, добавив, что если тот будет сотрудничать, то вернется домой. Он не вернулся. Жена Андрея Ольга несколько месяцев пыталась разыскать мужа, но в Мелитополе после ареста о его судьбе никто ничего не знал. Российские власти отрицали, что Голубев находится в России, но в конце апреля Федеральная служба по финансовому мониторингу России (Росфинмониторинг) включила Голубева в перечень «экстремистов и террористов».

После задержания Голубева вывезли в Москву в тюрьму «Лефортово». Семья узнала об этом ​в конце августа 2022 года из сообщений российских СМИ. До этого, по сведениям СМИ, Голубев некоторое время находился в оккупированном Крыму, в СИЗО Симферополя. Потом он был отправлен в СИЗО-1 УФСИН России по Чеченской Республике. Находясь под стражей, Андрей не получал необходимого лечения, а адвоката, нанятого украинскими правозащитниками, к нему не допускали.

Андрея Голубева обвинили в покушении на акт международного терроризма (ч. 1 ст. 30, ч. 1 ст. 361 УК РФ) и участии в террористическом сообществе (ч. 2 ст. 205.4 УК РФ).

45-летний Андрей Голубев – известный в Мелитополе инструктор по кунг-фу, тренировавший детей в школе боевых искусств. В декабре 2020 года Голубев пошел служить по контракту в пограничный отряд в Кирилловке, на побережье Азовского моря. Уволился в декабре 2021 года и вернулся к занятиям с детьми. Примерно тогда же он вступил в резерв 115-го батальона территориальной обороны Мелитополя. Когда российские войска вошли в Мелитополь, Голубев принял решение остаться. После начала оккупации Мелитополя Андрей более месяца почти не выходил из дома из-за проблем с тазобедренными суставами (коксартроз). «Ему еще 20 апреля инкриминировали, что они "раскрыли" дело, и сказано, что арестовали его 20 апреля. Хотя на самом деле это произошло 6 апреля! То есть 14 дней они делали все, чтобы Андрей взял на себя вину, которой априори нет!» – заявила правозащитница Наталья Ящук. Андрей стал фигурантом так называемого дела «мелитопольской пятёрки»: по версии следствия, обвиняемые якобы состояли в Союзе участников АТО Мелитополя и планировали устроить взрывы в расположениях российских войск и в местах раздачи гуманитарной помощи.

29 апреля 2025 года Южный окружной военный суд назначил Андрею Голубеву 12 лет лишения свободы в колонии строгого режима.

Включен в список лиц, подвергающихся уголовному преследованию, в котором с большой вероятностью присутствуют признаки политической мотивации и серьезного нарушения закона.