Виктор Бондаренко был похищен 7 мая 2024 года, когда пошёл гулять с собакой Нюшей. Собаку в тот же день нашли повешенной за ошейник на заборе (её удалось спасти, она выжила). Это было уже второе похищение Бондаренко: в первый раз его похитили 19 апреля 2022 года и продержали в «пыточной» 12 дней, после чего отпустили с условием каждый день «отмечаться» у российских силовиков.

Что именно происходило с Виктором Бондаренко с момента задержания в 2024 году, неизвестно. По информации Международного общества по правам человека, здоровье Виктора за время заключения значительно ухудшилось: у него девять межпозвоночных грыж, гепатит С, высокое кровяное давление, он жалуется на боли в животе и спине, ему трудно передвигаться, у него панические атаки, ухудшение зрения и памяти.

Виктора Бондаренко обвинили в «незаконном обороте взрывчатых веществ или устройств» (ст. 222.1 УК РФ), «незаконном изготовлении, переделке или ремонте взрывчатых веществ/устройств» (ст. 223.1 УК РФ), «диверсии, совершенной группой лиц по предварительному сговору или организованной группой» (ст. 281 УК РФ), «совершении взрыва, поджога или иных действий, направленных на разрушение объектов инфраструктуры» (ст. 281 УК РФ ч. 2 п. б) и «участии в диверсионном сообществе» (ст. 281.3 УК РФ ч. 2)

Виктор Бондаренко практически всю жизнь прожил в Бердянске. Прошёл обучение и стал служителем евангельской харизматической церкви: он занимался административными и бытовыми задачами, ездил с церковными миссиями в колонии Запорожской области, посещал больницы, чтобы поддерживать людей. Часть времени служил армейским священником. После начала оккупации Бердянска 28 февраля 2022 года помогал горожанам с получением продуктов и лекарств. После обстрела роддома в Мариуполе 9 марта 2022 года Виктор занялся эвакуацией людей оттуда: вместе с зятем они эвакуировали из-под обстрелов более 400 человек. В первый раз его похитили 19 апреля 2022 года и продержали в «пыточной» 12 дней. После того похищения Виктор и его зять Александр ещё несколько раз ездили из Бердянска в Запорожье за гуманитарным грузом: они привозили медикаменты для больницы, посылки, которые передавали люди с подконтрольной Украине территории родным в оккупации, памперсы, продукты. После второго задержания 7 мая 2024 года родственники три недели ничего не знали о Викторе, пока 29 мая не увидели публикацию издания ASTRA: в ней говорилось, что Бондаренко задержали в Мелитополе и обвинили в том, что в 2022 году он подорвал канализационную насосную станцию и опоры ЛЭП. Спустя примерно пять месяцев после второго похищения Виктора Бондаренко, в сентябре 2024 года Генпрокуратура России сообщила о направлении дела против него в суд. К новости было прикреплено видео, на котором Бондаренко показывал на кирпичную стену некого здания и признавался, что заложил туда «три бутылки». Ему предъявили обвинение: участие в диверсионном сообществе, совершение диверсии в составе группы и незаконное изготовление взрывных устройств.

30 декабря 2024 года оккупационный «Запорожский областной суд» признал Виктора Бондаренко виновным и приговорил его к 22 годам и 1 месяцу лишения свободы в колонии строгого режима (из них 2 года и 2 месяца в тюрьме). 17 апреля 2025 года апелляционный суд оставил приговор в силе.

«Мемориал» внес Виктора Бондаренко в список лиц, подвергающихся уголовному преследованию, в котором с большой вероятностью присутствуют признаки политической мотивации и серьезного нарушения закона, что не означает признания политзаключенным.